1. 建置屋頂型再生能源系統
本局積極推動園區內設置太陽能板，包含園區內公有建物 ( 南科實中、本局行政大樓、警察大樓、 商務會館、防洪抽水站、污水處理廠、資源再生中心、標準廠房等屋頂 )、公有設施 ( 園區配水池、 西拉雅公園停車場、立體停車場等空間 ) 及園區廠商廠房設置太陽能板，統計資料如下表。2023 年 園區內設置太陽能板發電量 13.72 MW，累積 77.39 MW，減少 48,941 公噸 CO2e/ 年，發電量及減碳 量逐年增加，以達到環境保護之效果。
2. 強化電力網路
南科管理局持續與台電密切合作，目前刻正辦理超高壓變電所擴建中，以滿足園區整體供電 需求。2023 年因園區廠商擴廠，故電力使用量增加。
當電力事故 ( 如壓降、停電等 ) 影響園區廠商供電時，本局立即協調台電公司查明事故原因及 盡速復歸，同時透過機制瞭解園區廠商受影響情形，並會同園區公會、台電公司及廠商等，召開 電力品質精進會議，檢討事故成因及研商精進措施，以降低供電事故之影響。
3. 管理局用電
管理局內積極響應及推動節能減碳政策，透過宣導教育同仁共同努力，有效落實永續經營， 將綠色管理融入日常營運，南科管理局的用電管理目標為每年用電量需比前一年度減少，2023 年 較 2022 年用電量減少 4.46%;持續加強用電管理，執行節能。
經南科管理局逐年進行節能減碳的努力，不曾對環境保護懈怠，所達成的節能效果持續累積， 不斷對局內同仁要求恪守節能節水之任務，規劃長期可行之節能措施;在園區營運的同時，更加 強輔導並查核園區廠商空氣、廢水排放與廢棄物處理 ( 置 ) 等，以符合相關環保法規規範，期以向 低碳園區邁進。
由於南科最初規劃時並無獨立的電力系統，而是與臺南市共用線路，因此當產業聚落成行， 帶動周邊人口與廠商跟進，使供電系統負荷超載，南科管理局持續與台電溝通協調，現已在園區 內設置一座超高壓變電所及兩座配電 / 變電所，以提升園區供電品質，並結合同業公會針對輸變 電設備進行診斷與改善工程，努力為園區提供穩定且可靠的電力。
再生能源部分，南科管理局自 2009 年起即陸續於公有建築屋頂裝設太陽能發電，並推動廠商 自建太陽能設備，雖因園區內可建置空間實屬有限，故再生能源總發電量對整體園區用電之實際 貢獻度不高，管理局仍將持續配合用電大戶條款，鼓勵廠商盡力擴大自用發電之建置規模。