國家科學及技術委員會南部科學園區管理局為設於臺南市南部科學園區臺南園區的南科專責行政機關，隸屬於國家科學及技術委員會，依據組織法下設局長1人、副局長2人、主任秘書1人及投資組、工商組、環安組、營建組、建管組、企劃組、秘書室、人事室、主計室、政風室等10個組室，綜理整個園區事務。

預算規模

    南科管理局為公務機關，所需經費主要用於推展政務、執行公務及維持園區營運，預算來源包含國庫負擔及自行籌措。