1.環保審查

    南科管理局扮演著園區永續環境的維護者，除了瞭解各事業單位是否確實履行許可內容，也必須至現場查核及追蹤，才可進一步檢討制度上之盲點，藉由可行的方式規範各事業依循許可證登載內容操作，並落實許可證管理以及推動各污染總量管制之基礎工作，以利於整體環境品質與永續之推動。

    另外，針對臺南園區及高雄園區的營建工程進行營建工地空氣污染防制設施查核及營建工地逕流廢水污染削減計畫查核；針對園區內各項環保設施，除了平時密集派員抽查監控外，另外因為園區無論是污水處理量或是廢棄物處理量都有一定規模，環保主管機關如環保署及臺南市、高雄市環保局都會不定期安排稽查行動。

2.廢污水處理

    園區內工廠排放污水統一由下水道管線收集，納管率達100%，2022年全園區所產生的廢水經過妥善處理，符合園區污水納管標準，才排放至園區污水下水道系統，經污水廠處理後之放流水水質均符合放流水標準，最終流向海洋，而部分放流水則回收用於污水廠內設備清洗、植栽澆灌及景觀水池。

3.環境監測

    園區內主要監測項目皆符合法規標準，各監測項目之詳細監測指標、數據等皆定期於南科管理局網站公告，可至「環境監測資料」區查詢。2022年南科管理局接獲1件陳情管道白煙事件，接獲後立即進行瞭解並完成處置。

    溫室氣體濃度的增加致使地球的溫室效應愈來愈顯著，全球暖化的結果，不僅影響著生物生態，對人類經濟活動也是很大傷害，而對地球生物十分重要的臭氧層亦因此遭到破壞。南科管理局瞭解並正視其嚴重性，致力環境保護外，局內並未使用任何破壞臭氧層之物質，2022年亦無排放對環境及臭氧層有重大影響之有害氣體。