1.穩定供水
2022年南部降雨量不到歷史平均的4成，創下30年來新低，南科配合水利署及相關單位提前部署，並2022年8月起展開各項節水調度措施，持續推動開源、節流、調度及備援各項工作，減緩旱象衝擊。於12月2日起臺南地區水情燈號轉為黃燈(減壓供水)，2023年3月1日轉為橙燈(減量供水)；高雄地區於2023年3月30日轉為橙燈(減量供水)，南部地區水情日漸吃緊。南科管理局因應水情變化，採取下列抗旱作為，面對嚴峻的水情，以穩定園區產業營運用水需求。
節水輔導
為降低園區用水量，解決用水迫切問題，達成環評要求，及配合節能減碳政策的推動，南科積極投入節水節能輔導工作，並加強宣導、鼓勵園區廠商建設綠色工廠等。
開發再生水源
面對極端氣候變遷，降雨枯豐差距擴大，南部的水環境也面臨挑戰，產業用水在南科，更是要正面備戰對決的功課，積極輔導園區廠商使用再生水，2022年南科園區成為全臺第一個使用再生水的科學園區，再生水資源策略有再生水使用、水源交換兩大方向，並推廣至新設園區，水資源開發與利用朝向多元及永續發展。
另外，南科管理局公告徵求廠商於水7用地內投資興建園區再生水廠，由台積電(股)公司取得簽約，為使再生水潔淨度達到晶圓製程需求，處理廢水的複雜度相較一般民生用水要高出四倍以上。2022年9月19日辦理「台積電南科再生水廠」通水典禮，為全臺第一座首創再生水回用半導體製程水源。
因應2023年上半年臺南地區水情不佳，管理局再度透過跨部會及地方政府合作，協調永康再生水增供到0.92萬CMD、園區再生水增供到2萬CMD、安平再生水廠於4月底增供到2萬CMD，合計達4.92萬CMD，達臺南園區自來水用量約4分之1，於抗旱期間進一步提升供水韌性，讓南部地區水資源共享，調度更靈活，供水更有保障。
面對極端氣候下不穩定的水資源，為提供園區產業用水，南科取得多方夥伴支持與協助，預估2030年臺南園區再生水使用將達9.3萬CMD，約佔臺南園區總用水的三成，減低傳統水源開發壓力，因應新設園區開發需求，南科持續配合水利主管機關、營建署及縣市政府等，推廣再生水使用、交換與多元用水的調配，增加水源調度韌性，降低區域自來水依賴，創造產業與環境共榮的局面，達成永續園區的目標。
2.園區廠商用水
園區取水以自來水為主，企業的取水和耗水量、以及排水的水質可能會造成生態系統的衝擊。因此，本局協助園區事業全面瞭解自身的用水狀況，透過世界資源研究所的「水資源風險評估工具」Water Risk Atlas，評估臺南園區及高雄園區皆為Low - Medium(1-2)，顯示園區事業取水並無造成生態環境的重大衝擊。2022年因園區廠商擴廠，故取水量增加，但園區事業年營業額大幅成長，用水強度較2021年下降8.87%，連年下降。
