隨著園區事業之發展，使全園區事業廢棄物逐年增加，南科管理局積極輔導園區事業落實廢棄物源頭分類及回收，以達資源回收、廢棄物減量及無二次污染之目標，2022年全園區事業廢棄物再利用量達504,033.50公噸，再利用率達93.19%。

    另南科管理局因應臺南園區產業多元化，產生之廢棄物特性與種類也多樣化，依廢棄物特型及種類，設置完善的廢棄物清運機具及處理設施因而設置資源再生中心，以妥善清除及處理園區廢棄物，廢棄物移轉過程則委託合法業者清運、焚化，並於清運機具上安裝即時追蹤系統(GPS)進行管理，2022年共清運臺南園區廢棄物26,300公噸。

    南科管理局藉由推動臺南園區資源再生中心掩埋場第三期工程，除維持常態廢棄物清除、處理設施(備)正常運作外，更加強對園區內產製一般無機性廢棄物之有效處理能力，及增加南科臺南園區一般事業廢棄物，經分類焚化處理後之底渣、飛灰等，收容總量與場所(設計掩埋容量為90,000m3，使用年限為15年)，藉以滿足園區資源再生中心之未來掩埋容積量及掩埋場調度使用等需求，並彰顯重視環境保護政策決心。