1.生態社區

    南科管理局推動綠建築，促進建築與環境共生共利，落實建築節約能源，持續降低能源消耗及減少二氧化碳之排放，為鑽石級綠建築密度最高的科學園區。臺南園區及高雄園區皆已取得鑽石級生態社區標章，佔全國鑽石級生態社區2/5，綠建築面積佔園區建築總樓地板面積25.1%。

    南科管理局致力於建構「生產、生活、生態」的優質生產環境，轄下臺南園區自2013年經認證為鑽石級生態社區，並於2016年取得鑽石級綠建築標章EEWH-EC(社區類)，仍持續推動生態社區平衡及推廣永續生態環境理念，2021年再次取得綠建築標章EEWH-EC(社區類)變更評定(續用)；高雄園區亦相繼於2022年取得生態社區標章續用認證，綠建築標章維持為最高等級「鑽石級」，顯見南科管理局多年來仍持續維護永續發展、友善環境的初衷。

2.景觀綠化

    為營造臺南、高雄園區主要道路之植栽帶多元繽粉的色彩意象，南科管理局每年持續規劃園區景觀改善工程，以汰換生長不良喬木或老化灌木。整體景觀塑造以人為本的角度思考，應用複層植栽概念，選擇具季節性形態與色彩性變化，搭配園區周邊四季色調，展現豐富景色風情，園區綠美化作業完成後整體景觀煥然一新。

    面對龐大的落葉及樹枝等植物性廢棄物，本局於2013年開始臺南園區建置綠資源回收場，將落葉與有機蔗肥拌攪後製成堆肥，大型殘枝利用碎木機絞碎成木屑，散佈於園區景觀植栽綠帶，高雄園區亦於2016年建置綠資源回收場完成，永續利用於南科土地上。2022年臺南及高雄園區草屑落葉堆肥產出量計773公噸，木屑產出量計152公噸，統計2013至2022年間，共產出堆肥成品6,533公噸、木屑成品2,654公噸。