1.園區應變體系
南科管理局透過各項應變體系計畫及園區智慧化管理之實施，以穩定園區能資源及因應災害發生可能之風險，落實永續發展。
水電應變體系
水電應變體系之緊急聯絡通報機制建立，可有效提升供水供電異常之聯絡效率，透過該機制，除可使南科管理局於最短時間內掌握廠商損失情形，並可使園區廠商迅速了解水電供應異常之原因，俾利後續之應變處理。
南科自2017年起，以通訊軟體建立「水電氣委員會群組」，透過即時通訊方式，可立即獲知廠商異常訊息，通知修復單位前往處置，及掌握修復或復歸狀態，提高水電應變處理效率。
災害應變體系
為達到重大災害立即通報、搶救（處理）與善後等目的，特整合園區官方與民間既有之防災應變資源，規劃建構南科簡單可行、一元化及高效能之災害防救體系，訂定「建構臺南科學工業園區聯防應變體系實施計畫」，著手推動園區災害防救體系，成立聯防應變組織與建構無線電系統，並參考國內外各種技術與經驗，開發了可整合行動裝置、地震儀監控訊號、防洪監控系統、地理資訊系統的「緊急應變決策支援專家系統」。若災害範圍擴大有影響周邊居民之虞，亦可透過擴散模擬及圖形介面得知村里資訊，立即通知相關村里長聯絡處，確保於第一時間完成防災應變處理程序。
防汛應變體系
為確保臺南及高雄園區內及週邊之雨水排放通暢，儘早因應以降低洪汛期間可能之水患及災害，平時設置24小時都有人員輪值監控。於每年5月1日起至11月30日之洪汛實施期間，當中央氣象局發布陸上颱風警報或園區所在地豪雨特報，立即成立防汛小組，分三級警戒，並要求各級輪值之進駐人員(維護廠商、防汛組員、副局長)，各員需於接獲通知後一小時內進駐且24小時輪值監控。
地震預警暨智慧防救災系統
為提升並整合園區災救應變能力達到智慧防救災需求，2017年建置南科園區「地震預警暨智慧防救災系統」，結合智慧園區各系統(化學品登錄系統，環境監測資訊系統、交控中心系統資料庫、智慧樓群資料庫、可攜式救災設備、防汛系統等)，並依據風險評估及災害模擬演算，建置以地理資訊系統為基礎之三維視覺擬真防救災指揮系統，災害時可快速整合情資並提供決策建議予應變指揮官，迅速提供有效情資及決策建議。「地震預警暨智慧防救災系統」已登錄園區283家廠商，10,773筆化學品資料，獲得國內2項新型專利，3項發明專利。
同時，南科管理局辦理智慧防救災系統之相關教育訓練，2022年共辦理10場次，希望園區事業單位一同加入系統之運作，以減低職業災害的發生。
地震預警暨智慧防救災系統
為提升並整合園區災救應變能力達到智慧防救災需求，2017年建置南科園區「地震預警暨智慧防救災系統」，結合智慧園區各系統(化學品登錄系統，環境監測資訊系統、交控中心系統資料庫、智慧樓群資料庫、可攜式救災設備、防汛系統等)，並依據風險評估及災害模擬演算，建置以地理資訊系統為基礎之三維視覺擬真防救災指揮系統，災害時可快速整合情資並提供決策建議予應變指揮官，迅速提供有效情資及決策建議。「地震預警暨智慧防救災系統」已登錄園區283家廠商，10,773筆化學品資料，獲得國內2項新型專利，3項發明專利。
同時，南科管理局辦理智慧防救災系統之相關教育訓練，2022年共辦理10場次，希望園區事業單位一同加入系統之運作，以減低職業災害的發生。
2.緊急應變演練
由於南科園區內進駐產業型態多元，面對職業災害、地震、火災、天然災害及其他類型災害等緊急事件若有不慎極易發生重大財產損失及人命傷害等事件，因此持續的、有計畫性的辦理各種消防訓練，並配合工安環保月活動舉辦，協助園區廠商強化消防安全意識與訓練，讓廠商員工熟悉消防救災與緊急應變能力，最後再透過公開的應變演練來不斷完善園區整體的消防應變能力。
